La OIM y la OMS han trabajado en estrecha colaboración durante varios decenios, entre otros medios a través de un memorando de entendimiento oficial en vigor desde 1999, que fue renovado en enero de 2019. A petición de los Estados Miembros de la OMS, la OIM ha colaborado estrechamente en el desarrollo de varios procesos de los órganos ejecutivos de la OMS centrados en la promoción de la salud de los migrantes y los refugiados. Ello comprende sus contribuciones en la elaboración de la resolución de la Asamblea Mundial de la Salud sobre la promoción de la salud de refugiados y migrantes, el Marco de prioridades y principios rectores para promover la salud de los refugiados y los migrantes, y los informes sobre los análisis de situación y las prácticas aplicadas para responder las necesidades de los refugiados y migrantes en materia de salud. El Marco de la OMS antes citado se menciona explícitamente en el contexto de las acciones y compromisos relacionados con la salud que se enuncian tanto en el Pacto Mundial para la Migración Segura, Ordenada y Regular como en el Pacto Mundial sobre los Refugiados. El hecho de que se haga referencia al Marco de la OMS en ambos Pactos Mundiales es un buen ejemplo de coherencia normativa e integración de la salud en los marcos de gobernanza de la migración. Además, la OIM ha prestado su asistencia a la OMS y los Estados Miembros durante todo el proceso de elaboración del Plan de acción mundial sobre la promoción de la salud de los refugiados y los migrantes, y seguirá colaborando en la aplicación de ese instrumento. 

La OIM está implicada en numerosas iniciativas mundiales, como el Grupo de Trabajo 5 sobre la Salud de Inmigrantes (M5HWG); la Plataforma Internacional sobre Movilidad del Personal Sanitario; el Grupo de Trabajo sobre Tuberculosis y Migración de la Unión Internacional Contra la Tuberculosis y Enfermedades Respiratorias; el Comité Permanente entre Organismos; el Grupo de Acción Sanitaria Mundial y la Red Mundial de Alerta y Respuesta ante Brotes Epidémicos (GOARN). Asimismo, la OIM participa en reuniones de alto nivel, incluidas las reuniones de los comités regionales de la OMS, así como en sesiones de la Asamblea General de las Naciones Unidas, entre las que cabe citar las Reuniones de Alto Nivel sobre la Lucha contra la Tuberculosis y sobre las Enfermedades no Transmisibles, celebradas en 2018, y la Reunión de Alto Nivel sobre la Cobertura Sanitaria Universal, celebrada en 2019.